Ngày 5/12/2003 trường Đại học Quốc tế được thành lập căn cứ Quyết định số 260/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở Quy hoạch mạng lưới đại học, cao đẳng giai đoạn 2001 – 2010 ban hành kèm theo Quyết định số 47/2001/QĐ-TTg ngày 04/04/2001 của Thủ tướng Chính phủ có yêu cầu: “Các trường đại học và cao đẵng ở Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh cần phải đi đầu trong quá trình hội nhập với nền giáo dục đại học, cao đẳng của các nước trong khu vực và quốc tế, đa dạng hóa các hình thức đầu tư trong và ngoài nước, liên kết với các trường đại học, cao đẳng có uy tín trên thế giới để nâng cao chất lượng đào tạo” và Chiến lược trung hạn xây dựng và phát triển giai đoạn 2001 – 2005 của Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh đã nêu rõ “Thành lập Trường Đại học Quốc tế trên cơ sở liên kết với các trường nước ngoài có uy tín, tạo điều kiện cho cán bộ, sinh viên du học tại chỗ và qua đó, ĐHQG-HCM có thể học tập, đối chiếu kinh nghiệm và chất lượng, đào tạo của mình”.

Năm 2004: Nhà trường đã tuyển sinh khoá đầu với 2 khoa đầu tiên[5]: khoa Quản trị kinh doanh và khoa Khoa học máy tính và Kĩ thuật.

Niên khoá 2005: Nhà trường tiếp tục mở thêm 2 khoa trong chương trình đào tạo cử nhân[6]: khoa Điện tử Viễn thông và khoa Công nghệ sinh học. Trong năm này, trường cũng đã tiến hành liên kết đào tạo chương trình Đại học theo hình thức 2+2 với Đại học Nottingham và Đại học West of England của Vương Quốc Anh.

Trong năm 2006: Nhà trường tiếp tục liên kết đào tạo chương trình Đại học với Đại học Công nghệ Auckland của New Zealand.

Năm 2007: Khoa Khoa học máy tính và Kĩ thuật của trường mở chuyên ngành đào tạo Khoa học máy tính song song với các chuyên ngành của khoa khác. Trong năm này, trường cũng liên kết đào tạo bậc đại học, ngành Quản trị kinh doanh và Điện tử Viễn thông với Đại học New South Wales[7] của Úc.

Năm 2008: Trường mở thêm liên kết đào tạo với Đại học Rutgers tại tiểu bang New Jersey của Hoa Kỳ.

Năm 2009: Trường tiếp tục hợp tác liên kết đào tạo với Đại học SUNY Binghamton của Hoa Kỳ. Đồng thời trường cũng thành lập thêm Bộ môn Kỹ thuật Y sinh vào tháng 3 năm 2009.

Năm 2010: Trường mở thêm liên kết ngành quản trị kinh doanh với Đại học Houston, USA.

Năm 2013: Trường kỉ niệm 10 năm thành lập, khánh thành toà nhà mới "Khối phòng học và thí nghiệm 2" và đón nhận "Huân chương Lao động hạng Ba".

Năm 2016: Trường là thành viên đầu tiên của ĐHQG-HCM đã tham gia kiểm định chất lượng giáo dục trường đại học do Trung tâm kiểm định chất lượng giáo dục của ĐHQG Hà Nội thực hiện và trường đã chính thức nhận quyết định và Giấy chứng nhận Kiểm định chất lượng vào ngày 17/11/2016[8].